近年來魚類生物多樣性的降低，代表了地球環境（包括陸域和水域）正在迅速變劣，也因此全球各國政府莫不開始正視水域保護的重要，1997年的「國際珊瑚礁年」、1998年的「國際海洋年」、1999年的「森林文化年」、以及2001年的「生物多樣性觀察年」其目的都是在喚醒大家對生物多樣性保育的重視。

　　魚類生物多樣性的保育方法一如保護所有其他海洋生物一樣甚或陸域生物一樣，不外乎分成研究、立法及教育三方面。

(1) 加強調查研究：包括了解本省魚類之種類組成、分佈，群聚的時空變遷、生態習性及與鄰近地區族群相倚的關係。如此方能認定那些是固有、稀有、或瀕臨絕滅的魚種，進而制定正確有效的保育措施，以及提供宣導教育的基礎資料，或是進一步研究人工繁殖，利用種苗放流來加以復育。特別是海水經濟或觀賞魚類之繁殖研究，目前成功率不及百分之一，尚待努力，了解造成魚類資源減損的真正原因，優先順序，才能建議政府採取對症下藥的策略，評估全省那些水域應被優先劃入保護區的範圍及其劃設後之保護管理辦法等。

(2) 推展宣導教育：使民眾藉認識了解本土的海洋生物來支持並參與海洋生物的保育行動。因此除在各種宣導媒體上廣為報導介紹本省之稀有的海洋生物現況外，並宣導正確的保育觀念，包括不抓、不養、不吃（包括供作中藥材之海龍、海馬等）稀有物種；推廣實地潛水去認魚、賞魚、餵魚、水底攝影等的戶外活動等。

(3) 劃定水域保護區：禁止任何人員或人為干擾仍是最簡易有效的保育措施。因為魚類的種類繁多，許多魚類的生態習性如生活史、食性、生殖等均不了解，根本無法進行種原保存式的物種保育，且種原保存會有基因變異減低而不利種族存續的問題，即使魚種繁殖成功，但若其天然棲地水域已被破壞，也不可能再放流；且水域生態系之食物網關係複雜，不可能只保存一種而不受其他物種所影響，因此惟有保護棲地，整個生態系連同所有當地的生物含魚類一齊保存下來才是根本之道。這也是「生物多樣性保育」和過去以單一物種保存為主的「生態保育」基本上的差異，也才是未來正確保育的作法。此外河川棲地的復原，是目前復育淡水魚類亟待努力的方向；海洋部份可考慮在適當海域投放人工魚礁，藉增加人工棲所來改善本省沿岸因岩礁數量不足而無法增加岩礁性海水魚類數量及分佈的限制因子。

(4) 立法保護嚴格執行：加速通過「海洋污染防治法」、「海岸法」及「海域遊憩管理辦法」，使保育工作能有所依據。此外應在野生動物保育法中考慮增列稀有海洋生物，作為取締捕撈販售之依據；加強稀有魚類之進出口管理，以導正目前熱衷飼養海水寵物之不良風氣（人工繁殖成功之種類則不在此限）。許多經濟魚類資源之保護措施，如漁期、漁法、漁具或漁獲量、體長大小之限制與禁止等均應確實執行。特別嚴格取締在保護區內從事非法活動，或任何毒魚、炸魚、獵魚或排放污染物之行為。

補充資料:http://fishdb.sinica.edu.tw/~fishdmp/fhNormal/page04-c/page511.htm

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